Andreas Urs Sommer studierte nach seiner Schulzeit in Aarburg und Basel Philosophie, Kirchen- und Dogmengeschichte sowie Deutsche Literaturwissenschaft an den Universitäten Basel, Göttingen und Freiburg. 1995 schloss er mit dem Lizenziat in Basel ab, 1998 wurde er dort mit der Bewertung summa cum laude promoviert.

1996/97 war er Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Frey-Grynaeischen Institut in Basel. 1998 erhielt er einen Lehrauftrag am Philosophischen Seminar der Universität Basel. In den Jahren 1998/99 war Sommer „Visiting Research Fellow“ an der Princeton University und von 1999 bis 2001 Forschungsstipendiat des Schweizerischen Nationalfonds für die wissenschaftliche Forschung an der Forschungs- und Studienstätte für Europäische Kulturgeschichte der Herzog August Bibliothek in Wolfenbüttel. 2000 wurde Sommer Wissenschaftlicher Assistent am Philosophischen Institut der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald, wechselte aber 2001 als „Visiting Fellow“ ans Institute of German Studies, School for Advanced Study der University of London. Wiederum in Greifswald habilitierte er sich 2004 mit der Arbeit Sinnstiftung durch Geschichte? Zur Genese der Geschichtsphilosophie zwischen Bayle und Kant. 2000-2007 lehrte er an der Universität Greifswald Philosophie mit besonderer Berücksichtigung der Philosophiegeschichte, im Wintersemester 2007/08 an der Universität Mannheim, seit 2008 Philosophie am Philosophischen Seminar der Universität Freiburg. 2011 wurde er in Freiburg zum außerplanmäßigen Professor für Philosophie ernannt.

Sommer ist Spezialist für die Philosophie Friedrich Nietzsches, der Aufklärung und der Frühen Neuzeit sowie für die Methodologie der Philosophiegeschichtsschreibung. 

Seit 2008 ist Sommer wesentlich beteiligt am Nietzsche-Kommentar der Heidelberger Akademie der Wissenschaften, der an der Universität Freiburg erarbeitet wird, sowie Direktor der Friedrich-Nietzsche-Stiftung in Naumburg (Saale). Einem breiteren Publikum ist er mit Zeitungs- und Zeitschriftenartikeln sowie insbesondere mit seinen populären philosophischen Büchern Die Kunst, selber zu denken, Lohnt es sich, ein guter Mensch zu sein? sowie Die Kunst des Zweifelns bekannt geworden. Darin erprobt er eine neue Form skeptischer Philosophie und kritischer Aufklärung. Jüngst ist Sommer durch eine moderne Adaption stoischen Denkens hervorgetreten, dessen Potential als Philosophie der Seelenruhe er neu erschließen will: Die Stoa soll von ihrem metaphysischen und moralistischen Ballast befreit werden.